La manzanilla se puede emplear tanto en uso interno, en forma de infusión, como en uso externo, a través de compresas, lavados, preparados sólidos y semisólidos e inhalaciones.
La ESCOP aprueba el uso de la flor por vía interna en el tratamiento sintomático de trastornos digestivos, tales como: espasmos gastrointestinales leves, estados inflamatorios, distensión epigástrica, flatulencia y náuseas, y por vía tópica, en inflamaciones, irritaciones e infecciones de piel y mucosas, incluyendo la cavidad bucofaríngea y las encías (enjuagues), las vías respiratorias (inhalaciones) y la zona ano-genital (baños y pomadas). La Agencia Europea del Medicamento (EMA) aprueba el uso de la flor en el tratamiento sintomático de afecciones gastrointestinales leves, como espasmos y sensación de hinchazón, entre otros.