El contenido de fosfolípidos es muy variado. Los ácidos grasos dominantes en la composición de la manteca de cacao son el palmítico y el esteárico. Contiene también ácido oleico (cis) en la posición media del glicerol, con los dos ácidos saturados en las dos posiciones restantes formando alternativamente tres triglicéridos simétricos. Solo un pequeño porcentaje de los triglicéridos está completamente saturado.
También tiene propiedades antiinflamatorias, que ejerce a través de la inhibición de STAT3 y STAT1 alfa, lo cual inhibe la expresión de la enzima COX-2 y reduce la producción de citosinas proinflamatorias IL-6, IL-1B y TNF-alfa.