La manzanilla contiene además lactonas sesquiterpénicas de tipo germacranólido, que son sustancias amargas, principalmente nobilina, y otras con estructura de guayanólido, flavonoides, compuestos fenólicos, cumarinas, etc.
La Agencia Europea del Medicamento (EMA), aprueba su uso tradicional, basado en su utilización prolongada, para el tratamiento sintomático de afecciones espasmódicas gastrointestinales leves, como distensión abdominal y flatulencia. También en inflamaciones de la cavidad bucofaríngea.